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食品药品监督管理局的主管部门部门（机构）是同级人民政府。
国家食品药品监督管理总局是国务院直属的正部级行政管理机构，由国务院直接管理；省、市、县食品药品监督管理局分别是同级人民政府直属的正厅级、正处级和正科级行政管理机构，分别由省、市、县人民政府直接管理，同时接受上级食品药品监督管理机构指导、监督。我国各级食品药品监督管理局是负责所属各行政区域内食品（含食品添加剂）、药品（含中药、民族药）、医疗器械、保健食品、化妆品（以下统称为食品药品）监督管理的政府直属机构， 加挂同级食品药品安全委员会办公室牌子。
我国以前食品药品监督管理局的管理体制是属地政府和上级食品药品监管局双重管理。2008年11月10日，国务院办公厅下发《关于调整省级以下食品药品监督管理体制有关问题的通知》，撤销食品药品监督管理机构省级以下的垂直管理，改为由地方政府分级管理。 由此加强了地方对于食品药品监督管理的各部门协调，强调了地方对于食品药品监督管理的责任。
